台湾古称夷洲，早在三国、隋代便与大陆有密切联系。1683年，清政府完成对台湾的统一，至1885年始将台湾划为单一行省。有清一代围绕台湾建省问题的历时二百余年，可谓由来已久。
1683年，清政府收复台湾，但在清廷内部对台湾的弃留却存在着严重分歧。有的大臣认为，台湾乃“海外丸泥，不足为中国加广，裸体文身之番，不足与共守；日费天府金钱于无益，不若其人而空其地”，主张放弃台湾；也有人认为，对台湾“留恐无益，弃虞有害”。康熙帝对台湾的认识也很含糊，他曾说，“台湾属海外地方，无甚关系”，“台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损。”然而，就在这场关系台湾前途命运的争论中，闽浙总督姚启圣力陈台湾不仅要守，而且不能拖延，“今幸克取台湾矣，若弃而不守，势必仍做贼巢，此天之所以为皇上广舆图而大一统也，似未可轻言弃置也。”同年十二月，施琅以其在台湾的亲身经历，请求清廷留守台湾。他分析了台湾的战略地位，认为“台湾一地，虽属外岛，实关四省之要害”，强调“弃之必酝成大祸，留之诚永固边圉”，台湾“断断乎不可弃”。施琅特别指出：台湾实“肥饶之区，险阻之域”，并曾被“红毛”强占，他们“无时不在涎贪，亦必乘隙以图”。台湾一旦被其侵占，“必合党伙，窃窥边场，迫近门庭，此乃种祸后来，沿海诸省断难晏然无虞”。由于施琅据理力陈，富有远见卓识，“留台”之议很快得到大学士李蔚的支持，接着侍郎苏拜和都察院左御史赵麟也上疏赞同施琅的意见。至此，康熙帝真正明白，“台湾弃取，所关甚大”，“弃而不守，尤为不可”！决定留守台湾。
1684年4月14日，康熙批准在台湾设一府三县，设巡道一员分辖，隶福建。台湾自从设治驻兵后，“濒海边疆，自兹宁谧”，台湾的行政建制从此也与内地划一，从而完成了台湾与祖国大陆的行政统一。
1721年，清廷在台湾增设巡视台湾监察御史，又增设彰化县和淡水厅。1727年增设澎湖厅。1737年，礼部侍郎吴金上奏清廷主张“宜将治台湾另分一省，专设巡抚一员，带兵部侍郎衔，抚台湾地方，统辖文武”，但清廷没有批准。
1874年，日本政府借口琉球渔民被杀，悍然发动牡丹社之役，对清廷震动很大。1874年12月，沈葆桢奏请将福建巡抚移驻台湾，认为“台湾海外孤悬，七省以为门户，其关系非轻”，主张“先得一主持大局者，事事得以纲举目张”，可仿江苏巡抚分驻苏州之例，福建巡抚驻台湾，统率台湾文武官员及处理一切善后事务。1875年4月，总理衙门与吏部议定，“移福建巡抚驻台”。后因福建巡抚“长驻海外，将变成台湾巡抚”，给会商请示造成“贻误”，于是移驻台湾改为“冬春驻台，夏秋驻省”。11月27日，清廷谕允。
丁日昌任福建巡抚后，认为福建巡抚“冬春驻台，夏秋驻省”，无法保证“夏秋之间生番不蠢动”，“外人不侵凌”，于台防台务仍存隐患，因而请求朝廷“速派威望夙著知兵重臣，驻台督办”，专责台务，此议引起清廷的重视。1877年1月，刑部侍郎袁葆恒也上奏清廷，主张改福建巡抚为台湾巡抚，这一主张更近于建省之议。他认为“台湾之地，虽僻处海疆，而物产丰富，各国垂涎，”“非专驻大臣，镇以重兵”，“未易为功”，“请改福建巡抚为台湾巡抚，驻台湾，而以总督办福建全省事，各专责成”。这一建议直接影响着台湾建省大计的实现，在台湾建省观念上是一次大的突破。
中法战争爆发后，台湾海防的地位日趋重要。1884年，清政府为了加强台湾防务，抗击法军侵台，特诏“刘铭传著赏加巡抚衔督办台湾事务”，意识到台湾应有大臣专门驻扎，才能使其具有独立的防御能力。当中法战争一结束，左宗棠便遵旨筹议海防事务，他论证了台湾当亟建省的必要性，“将福建巡抚改为台湾巡抚，所有台澎一切应办事宜，概归该抚一手经理，庶事有专责，于台防善后大有裨益”。总理衙门也认为，“台湾为南洋要区，延袤千余里”，“宜有大员驻扎控制，若以福建巡抚改为台湾巡抚，以专责成，似属相宜”。1885年10月12日，慈禧太后终于发出懿旨：“台湾为南洋门户，关系紧要，自应因时变通，以资控制。著将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎。福建巡抚事，即著闽浙总督兼管”。清廷打破常规，先建省后建设，终定建省大政。
清廷台湾建省的大政已定，刘铭传很快便接到台湾建省和任命他为首任台湾巡抚的谕旨。然而，刘铭传从台湾当时的情形分析，认为台湾此时建省为时尚早，只有在实施设防、练兵、清贼之后才能实行，建议台湾从缓建省。但清廷旨意已决，回复“刘铭传所称从缓改设，著毋庸议”。同时，清廷又采纳了刘铭传台闽联防的建议，仿甘肃新疆制称福建台湾巡抚，以使台湾与福建联成一气，内外相维。刘铭传通过对台湾的加紧开发，至1887年9月16日宣布“台湾分省已定”，一切事务“就台办理”，同时启用礼部新改制的“福建台湾巡抚”关防。自此台湾升格为祖国的行省之一。历二百余年的建省问题圆满解决。
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